Генетика на кавказките алани (DA146 - DA243)

[Кухулин]

Преди 15 часа, tantin said:

Да го кажем с по-прости думи: имаш скаларно произведение на 2 вектора.

Имаш величина(ф4), пропорционална на скаларното произведение в н-мерно пространство с коефициент 1/н. Тоест при "хардкор" ф4 доста стръмно ще клони към нула, независимо от значителната проекция. При това отношението вектор/проекция може да приеме произволни стойности, стига да не пъхнем съвсем извратен вектор. 

[Кухулин]

Преди 2 часа, tantin said:

Ето още една друга врътка:

 

Ето ги и броя на сниповете: участват 425003 снп, което е предостатъчно. 

Добавил съм за сравнение Злати Кюн, индианците от бразилия, Алжир , финландци и Лошбур.

И пак, забележи че пресичането на нулевата линия става при групите дето са най-близки към аланите. Това не е случайно. 

Възмутен съм, че изхвърли шимпанзето от групата и го замени с някакви съмнителни типове. Заслужаваш обществено порицание от някой феминист.  Освен това грузинският тест не е валиден.

А иначе приближаването до нулата не е случайно, съгласен съм. Зависи от векторите, които задаваш, а не от началните им точки.  

Преди 2 часа, tantin said:

Това е опростенчески казано, но като за идея помага.  Надявам се. 

Помага.

[tantin]

Преди 7 минути, Кухулин said:

Имаш величина(ф4), пропорционална на скаларното произведение в н-мерно пространство с коефициент 1/н. Тоест при "хардкор" ф4 доста стръмно ще клони към нула, независимо от значителната проекция. При това отношението вектор/проекция може да приеме произволни стойности, стига да не пъхнем съвсем извратен вектор. 

Няма такова нещо 1 върху н. Припомни си скаларното умножение на вектори. Другото е средно аритметично, медиана.  Припомни си дължина на вектор в линейната алгебра. Питагор върши работата.

[tantin]

Преди 1 минута, Кухулин said:

Възмутен съм, че изхвърли шимпанзето от групата и го замени с някакви съмнителни типове. Заслужаваш обществено порицание от някой феминист.  Освен това грузинският тест не е валиден.

А иначе приближаването до нулата не е случайно, съгласен съм. Зависи от векторите, които задаваш, а не от началните им точки.  

Помага.

Ха ха! Шимпанзето мога и да го върна, но понеже Ф4 с него е огромно другите трябва да ги гледаме с лупа и микроскоп.

[Кухулин]

Преди 6 минути, tantin said:

Няма такова нещо 1 върху н.

https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rstb.2020.0413#RSTB20200413F6

[tantin]

Преди 10 минути, Кухулин said:

https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rstb.2020.0413#RSTB20200413F6

Да . Мерси. Прав си. Н участва.

Но Н в случая е броя на сниповете. В тия данни с аланите участват 400 000.

Това си е като постоянен коефицент.

И затова Ф4 е с три нули зад десетичната точка.

Тоест 1 на 1000.

Като сложим обаче шимпанзето вече имаме 2 дълги вектора. Затова Ф4 скача 

[tantin]

По някое време ще дам примера дето имаме 2 дълги вектора и където Ф4 с шимпанзето лети, та удря тавана. Сега пиша от тел.

[tantin]

Обещах да покажа как стоят нещата с шимпанзето:

Основен вектор Мбути- Иран(Гандж Дарех).

Малкия вектор: Алани -тест . Аланите са върха на вектора, стрелката. А Тест, това е началото на вектора.

Ако оставя Шимпанзето при тестовете: Чимп-Алани става един огромен вектор.. По голям по абсолютна стойност спрямо тоя по когото сравняваме: Мбути-ГанджДарех. И затова Ф4 гърми до небесата..

Ето ги и цифровите резултати:

Цитирай

Целта на това упражнение с Ф4 беше да покажем че Ф4 статистиките са многомерни вектори. И скаларно умножение. 

 

[tantin]

Друга гледна точка: нека Злати Кюн да ни е основния, големия вектор.

 Спрямо него сравняваме малкия вектор с начало ТЕСТ и с връх (стрелка) Аланите.

Приблизително същото както преди, разликата обаче е в нулевата линия. Пресичането става близко до Аланите. 

 

Редактирано Май 5, 2023 от tantin

[Кухулин]

Всичко това е много хубаво, но далеч по-интересен е следващият въпрос - какво всъщност означават ф4-стойностите, какъв е практическият им смисъл в контекста на тотално омешани популации.

[tantin]

Ще дам още един пример, тоя път не толкова свързан с аланите.

Цитирай

Тук са включени най-разнообразни групи.  Да речем че Мбути са в основата, корена на дървото.

Бразилците от Каритиана са някъде на върха на дървото, от най най-отдалечените.

Имаме корона на дървото (корона (ботаника) - съвкупността от клони и листа на дърво)

В основата на короната на нашето популационно дърво е Злати Кюн. Съответно поглеждаме какво ни дават  Ф4 статистиките спрямо Злати Кюн. Кои са под короната и кои са в короната, разклонението.

Най-близко до нула е Оасе - румънския полу-неандерталец.  При това Ф4 го дава че е под нулата, тоест той е по-древен от Злати Кюн.  По-древни от ЗК са също африканците. Но това не се отнася за берберите. Берберите показват наличие на евразийски примес, дотолкова щото тяхното Ф4 е съпоставимо с това на Иранците от ГанджДарех.

Ако погледнем положителните максимуми: там виждаме казахстанските номади и монголците и това не е случайно.  Това са така наречените северни евразийци, ANE, Ancient North-Eurasians,  същите участват с най-голям принос при формирането на амер.индиянците. 

Така че има за какво да се ползват Ф3 и Ф4.

За съжаление тука с вкарването на Оазе индивида броят на сниповете ни пада до 60 000.

1233k SNPs read...
√ 1233013 SNPs read in total
! 59195 SNPs remain after filtering. 54185 are polymorphic.
i Allele frequency matrix for 59195 SNPs and 19 populations is 13 MB
i Computing pairwise f2 for all SNPs and population pairs requires 504 MB RAM without splitting
i Computing without splitting since 504 < 8000 (maxmem)...

В предишните ни сметки участваха от 200 до 400 хил. снипа.

Тоест точността спада. Но и 60 хил никак не са малко.

Надявам се тоя пример да е по-интересен и показателен. 

 

 

[Кухулин]

Преди 23 минути, tantin said:

Бразилците от Каритиана са някъде на върха на дървото, от най най-отдалечените.

Едва ли. Каритиана са някакви южноазиатци, Злати Кюн също са намешани там, като Бачо Киро. Не е добре поставен този експеримент.

[tantin]

Just now, Кухулин said:

Едва ли. Каритиана са някакви южноазиатци, Злати Кюн също са намешани там, като Бачо Киро. Не е добре поставен този експеримент.

https://en.wikipedia.org/wiki/Karitiana

[Южняк]

Да се намеся (вероятно еднократно) в приятния разговор. @Кухулин, положението с аланите (образец ДА146) е напечено. Разгледай снимките добре преди да реагираш. Това съветвам и Тантин... П.С. 1. Ако някой се чуди къде е П в снимки 2 и 3, там работя с трешхолд който елиминира всичко, което е с неподходящо П и оставя само валидните; ниските з резултати и високата станд. грешка в сн. 1 се дължат на липсата на достатъчно референтни популации; при увеличаването им (нещата си дойдоха на мястото). Излишно е да казвам, че основен инструмент на QPAdm е F4. 3. Май сте спорили за смисъла на Z=0 (или близо до 0). 0 означава, че при (аб; цд), цд формират клада спрямо останалите и са сестрински популации по отношение на аб; може разбира се и двете да са клади - абцд; т.е. Нулатае суперважен резултат при ф4, заради това, че интерпретирането му е недвусмислено; хубаво е всъщност да се тръгне от нулите при тестове, за да се установи степента на близост и да се сортират популациите; а може да се тества чрез това и за клади - ако (команчи/французи; сърби/българи) = 0 и сме дошли от Марс, за да изучим връзките между народите на планетата земя, 0-та ни казва, че сърби и българи са сестрински народи и формират клада спрямо останалите; можм да очакваме да живеят на едно място и да са свързани етнически, генетично и културно с дълбока връзка. Така че, нулите са суперважни... когато работим в тъмното, те са фаровете. Обаче проблемът с връзката алани-прабългари остава; в смисъл, че може да се окаже много голям и много тесен; но, има и други работещи модели.

[Кухулин]

Преди 1 минута, tantin said:

https://en.wikipedia.org/wiki/Karitiana

A 2015 genetic study reached a surprising conclusion about the origins of the Karitiana people. While the Karitiana people are closely related to other Native Americans, they share closer relations to Southeast Asians & Polynesians compared with other Native Americans which are closest to Siberians and Northeast Asians.^[7][8]

[tantin]

Преди 1 минута, Кухулин said:

A 2015 genetic study reached a surprising conclusion about the origins of the Karitiana people. While the Karitiana people are closely related to other Native Americans, they share closer relations to Southeast Asians & Polynesians compared with other Native Americans which are closest to Siberians and Northeast Asians.^[7][8]

Историята с полинезийския примес, намерен сред бразилските аборигени е пълна мистерия. Откриват някакви кости от около 14- 15 век. Стари кости, много стари, доколото могат там изобщо да се запази генетичния материал в джунглата.

И се оказва че костите са на някакъв от Полинезия !!!  Абсолютен полинезиец, намерен в Бразилската джунгла.  После сравняват дати това онова и все не им се получава. Някои предполагат че португалски моряци са спрели на острови по време на пътуванията и са хванали накой местен абориген, после са го заковали във вериги - и готово - роб за продажба на пазара. Но после тоя роб може да е избягал и да се е присъединил към местните свободни индиянци в джунглите. 

По тая линия се търси тая близост с полинезийците.. Но иначе Каритиана са си местни индиянци, достатъчно древни.  Те са един от най-отдалечените клони в човешкото дърво.  

[Южняк]

или, 2/3 алан, 1/3 сармат от прикаспието, 5% хун от унгария (тий като съм изклщчил игрек хромозома, това 5% ще стане на 7-8%, ако го вклщча.). Но. Това е само един от работещите модели, които са доста. това едно; 2-ро, при екстракция е ползвана е функция allsnps =TRUE, което влошава надежността на резултатите.

[Кухулин]

Преди 14 минути, Южняк said:

3. Май сте спорили за смисъла на Z=0 (или близо до 0). 0 означава, че при (аб; цд), цд формират клада спрямо останалите и са сестрински популации по отношение на аб; може разбира се и двете да са клади - абцд; т.е. Нулатае суперважен резултат при ф4, заради това, че интерпретирането му е недвусмислено; хубаво е всъщност да се тръгне от нулите при тестове, за да се установи степента на близост и да се сортират популациите; а може да се тества чрез това и за клади - ако (команчи/французи; сърби/българи) = 0 и сме дошли от Марс, за да изучим връзките между народите на планетата земя, 0-та ни казва, че сърби и българи са сестрински народи и формират клада спрямо останалите; можм да очакваме да живеят на едно място и да са свързани етнически, генетично и културно с дълбока връзка. Така че, нулите са суперважни... когато работим в тъмното, те са фаровете.

На мен ми се струва, че в твоя пример могат да се намерят достатъчно отдалечени популации, които ще дадат ф4 близо до нула при основен вектор комачи-французи. Виж, ако вземем за база Мбути нещо си и включим в разсъжденията z (стандартни отклонения до нулата), това е вече друг въпрос. z зависи от ъгъла между векторите... Но това са някакви мои предварителни мисли.

А иначе изобщо не ми е ясно защо са нужни всички тези гимнастики с ф4, при положение, че дистанциите се определят с ф2. За да умножаваш вектори, първо трябва даги знаеш тези вектори... 

[Южняк]

[Кухулин]

Преди 6 минути, Южняк said:

Така е, но в тази картинка X, Y, Z, и W могат да са произволно отдалечени един от друг.

А иначе Г25 потвърждава горния модел за Самоводене:

Target: BGR_Samovodene_MA:I2525
Distance: 9.5095% / 0.09509470

89.0 RUS_Alan_MA

11.0 HUN_Hun_period

HUN_Hun_period:MSG1,0.034147,-0.356451,0.062602,-0.024871,-0.044008,-0.019801,0.00376,0.00923,0.003272,0.002734,-0.035238,-0.002698,0.00446,-0.006331,0.0019,0.001989,-0.005085,-0.007855,0.002514,0.003627,-0.01672,-0.008285,-0.011339,0.00253,0.001796
RUS_Alan_MA,0.1099532,0.1045994,-0.025418,-0.0089794,-0.0262818,0.0051316,0.0054522,-0.0072458,-0.0456908,-0.0248206,0.0028256,0.0098314,-0.0166796,-0.0065784,0.005809,-0.002758,0.005372,-0.0059036,-0.0057318,0.0034768,0.003893,0.006529,0.0015532,-0.0004094,-0.0036644

 

[Южняк]

Сега, един офтопик от доклада на Флегонтов/Райх на конференцията в будапеща: "A cluster in the IBD graph emerged that includes nearly all individuals in the dataset annotated archaeologically as Slavic (7 of 9) and consisted of 31 individuals. According to PCA (panels B, D, E) a hypothesis for the origin of this population can be proposed: it was formed by admixture of a Baltic-related group with East Germanic people and Sarmatians or Scythian" - айде. Нямането на славянски образци отдавна приключи. А произхода....цепи здрача. Както и славянския компонент в съвременните българи. Както и взаимоотношенията прабългари - славяни; И те цепят здрача. На автохтонците - приятно пътуване, bumpy road ahead обаче. С все неолит-чи-чи-чи-чи-чи-ците, или какъвто там русизъм използваха за анотация.

Имаше една книга на Лoвкрафт - То the Mountains of Madness. Чакат ги. С все торбите им с безкрайни лъжи и измамите им, въобще с целия ментален боклук, с който замърсиха главите на хората и въобще бг интернета.

[Кухулин]

Преди 4 минути, Южняк said:

Сега, един офтопик от доклада на Флегонтов/Райх на конференцията в будапеща: "A cluster in the IBD graph emerged that includes nearly all individuals in the dataset annotated archaeologically as Slavic (7 of 9) and consisted of 31 individuals. According to PCA (panels B, D, E) a hypothesis for the origin of this population can be proposed: it was formed by admixture of a Baltic-related group with East Germanic people and Sarmatians or Scythian" - айде. Нямането на славянски образци отдавна приключи. А произхода....цепи здрача. Както и славянския компонент в съвременните българи. Както и взаимоотношенията прабългари - славяни; И те цепят здрача. На автохтонците - приятно пътуване, bumpy road ahead обаче. С все неолит-чи-чи-чи-чи-чи-ците, или какъвто там русизъм използваха за анотация.

Имаше една книга на Лoвкрафт - То the Mountains of Madness. Чакат ги. С все торбите им с безкрайни лъжи и измамите им, въобще с целия ментален боклук, с който замърсиха главите на хората и въобще бг интернета.

Това е мейнстрийм хипотеза в лингвистиката. Праславянският език търпи на най-ранен етап германско и иранско влияние. Ранен етап - това означава близо до балтославянската общност или дори в последния и стадий. Естествено, че се очаква генетиката да го потвърди. Не виждам нищо сензационно.

[Южняк]

Just now, Кухулин said:

Това е мейнстрийм хипотеза в лингвистиката. Праславянският език търпи на най-ранен етап германско и иранско влияние. Ранен етап - това означава близо до балтославянската общност или дори в последния и стадий. Естествено, че се очаква генетиката да го потвърди. Не виждам нищо сензационно.

За теб няма да бъде сензация, и аз така мисля. Но си помисли и нещо друго - хипотетично, много изследвания в/у вносния компонент на балканите вземаха за отправна точка балтийската бронзова епоха, а сърбите дори взеха ингрия (финска желвязна епоха) при определяне на вносния славянски компонент и пак го изкараха близо 55% (при ингрия); а протославянските геноми са всъщност по-различни - по южни, по централно европейски, по степни; славяните не са ни прото-фини, ни прото-балти; но, да видим, колко от това ще влезе в употреба, но локалния компонент на балканците пада с над 20% при новите изчисления, или, той при българи и сърби е (доста) под 30%, ама нищо де, карай да върви, а и това тепърва ще се нищи. Междувпрочем, да уведомя колегите, че с безкрайната помощ на археологическата общност в българия, 1200 образци от българското минало отпътуваха към харвард и продължаваме със събирането - последните ще станат първи по брой секвенирани образци, от всички епохи, и за България няма да има нищо скрито, което да не остане открито, като обхвата е халколит - 17 век след Христа, ами, това е, естествено, стотици прабългарски образци има вклщчени, както и славянски - и така...И независимо от кучешкия лай, критиките, ругатните и т.н., аз съм доволен, естествено. Интересно всички тези, които ругаят мен и колегите нонстоп, както и всячески спъваха проекта, колко точно образци контрибутираха за българската наука. аз да им кажа - с нула. да. а лошите щжняк и маготин - с хиляда и петстотин, които тия тиквеници автохтонците също ще ползват, както и комерсиалните компании. Нейсе. И това ще е за БГ, за следващите доста години. Нови секвенции след тия 1500 обраци няма да има, с много, много години.

[Кухулин]

Преди 2 минути, Южняк said:

За теб няма да бъде сензация, и аз така мисля. Но си помисли и нещо друго - хипотетично, много изследвания в/у вносния компонент на балканите вземаха за отправна точка балтийската бронзова епоха, а сърбите дори взеха ингрия (финска желвязна епоха) при определяне на вносния славянски компонент и пак го изкараха близо 55% (при ингрия); а протославянските геноми са всъщност по-различни - по южни, по централно европейски, по степни; славяните не са ни прото-фини, ни прото-балти; но, да видим, колко от това ще влезе в употреба, но локалния компонент на балканците пада с над 20% при новите изчисления, или, той при българи и сърби е (доста) под 30%, ама нищо де, карай да върви, а и това тепърва ще се нищи.

Славяни има всякакви. Даже в Сзолад две съседни салвянки се различават - едната е по-близка до балканските си дружки, а другата - до украинските. Разбира се, че славяните, дето са тичали с аварите около Солун, не са и сънували за Илмен.

Колкото до локалния балкански компонент... ще видим. Лично аз намирам за много мъдро решение факта, че д-р Чобанов  полека-лека го включва в картината.

[Южняк]

Който има очи, да вижда. С тантин обсъждахте мисля изследването по ибд на бойна брадва/ямна (неолитния компонент в съвр. европа идва от глобулар амфора, дето е в полша и украйна, не от балканския неолит, който е дал фира нещо). "локалния балкански компонент" в бг е напълно неизбежен при проредиците обмени на население между България и Византия. Както и тесните взаимоотношения с албанците (по "оня" начин основно, но всъщност по много начини - българизирани албанци, албанизирани българи и т.н.). И друг път съм го казвал - ако някой е с "балкански компонент" това не го превръща в "трак", превръща дядо му в рогоносец, живял в примерно западна македония.  Разбира се, който предпочита да се счита за трак, аз нямам проблем с това, просто не е моя работа, но от историческа гледна точка това не са "траки", а са си ромеи, първо брутално смесени като наследственост в рамките на византия и римската империя, второ с имперско самосъзнание и говорещи на имперския език - като как етническата принадлежност се определя от гените? Турците хети ли са? Или чеченците са прото-индоевропейци? Не мисля, че гледат на себе си така. Никога никъде гените не са определяли етническа принадлеждност. Нито шавливостта на нечия прабаба. Живи и здрави.