Генетика на кавказките алани (DA146 - DA243)

[Кухулин]

Just now, tantin said:

Няма смисъл това дето го правиш. Те са от различни периоди, едни напред във времето, други назад.. Пробвай да ползваш само популации дето да са горе долу от същото време.  Или пък моделирай на база древните индивиди. А и не ми е ясно какво търсиш, какви връзки искаш да докажеш или подобно.  Ако тия алани са мешани, то надали въобще нещо ще се получи..

Пробвай ти само с популации от същото време  

От гледна точка на дрифта тези разлики не са проблем - виж Ряховец и българите. От гледна точка на историческите взаимодействия - уж внимавам какво правя. Там има някои проблеми с германския компонент, но готите тук са си екстра (пък и те доста условно могат да се нарекат "германски компонент"). Теб коя популация те смущава?  

Какво търся... нищо не търся. Гледам какво е положението.

[tantin]

Гледай сега какво имам бачо Кухулине:

Цитирай

Успях да вкарам един много екзотичен индивид тука.

 

Цитирай

i Reading allele frequencies from EIGENSTRAT files...
i HumanOrg_Dzudz.geno has 5975 samples and 1233013 SNPs
i Calculating allele frequencies from 40 samples in 15 populations
! 3950 SNPs remain after filtering. 3513 are polymorphic.
i Allele frequency matrix for 3950 SNPs and 15 populations is 1 MB
i Computing pairwise f2 for all SNPs and population pairs requires 23 MB RAM without splitting
i Computing without splitting since 23 < 8000 (maxmem)..

Участват цели 6000 снипа.  Което не е малко , но не е и много.  Но като вкарам още падат критично ниско и съответно разделителната способност на картинката рязко се влошава.

Сещаш се за кого става дума , нали?  За оня тайнствен джуджуанец.. Дето хем го има, хем го няма.  Оказва се че го има. И си стой някъде между лошбуреца, КК1  , ЗК.. За съжаление в тая база дето го слях нямам ЗК,  а и това сливане с базите малко проблемно, щото много стават гигабайтите след сливането.. Заради 1 индивид ми се увеличава тройно размера на базата..  И пи-сито почва да се огъва. Въобще тая системка с Ф4 може да се окаже много читава.  Лазаридис е ползвал нещо подобно и в публикацията му за джуджуанците..  А тия джуджуанци знаеш че са предшественици на кк1 CHG , иранците и вероятно дори и на натуфианците.. ( и после аланите естествено,  да не ни се кара Атома че пак сме се отклонили много от археологията  ) 

 

[Кухулин]

Преди 3 минути, tantin said:

Гледай сега какво имам бачо Кухулине:

Успях да вкарам един много екзотичен индивид тука.

 

 

Сацурблия? Или шимпанзето?  

[tantin]

Преди 3 минути, Кухулин said:

Сацурблия? Или шимпанзето?  

Студено   .. Сацурблия си го има по всичките бази,  и маймуната също.. 

Редактирано Май 10, 2023 от tantin

[tantin]

Тайнствения индивид е някакъв изкопаем от пещерата Джуджуана.. Същия тоя го е публикувал Лазаридис в пре-принт.. Обаче не са го публикували никъде официално. Хем го има, хем го няма.. И с пробата им е така. Хем я има някъде си, но на сайта на ДР го няма.

Гледай тука каква интересна Ф4 се получава:

Цитирай

Уж проверявам по финланците, а зад тях ми се струпват ЗЕЛС, CHG / Сацурблия  /  и митичното джуджуана.. Понеже нямам ЗК, тука правя интерполацията през устишимеца,  той също е център-нападател, от най мощните  в средата на терена. 

[tantin]

Преди 3 минути, tantin said:

Уж проверявам по финланците, а зад тях ми се струпват ЗЕЛС, CHG / Сацурблия  /  и митичното джуджуана.. Понеже нямам ЗК, тука правя интерполацията през устишимеца,  той също е център-нападател, от най мощните  в средата на терена. 

А това знаеш ли какво идва да ни подскаже ?  Че при финландските Саами е бъкано с КЛС компонент.. Тоест финландците изобщо не са отдалечена крайна популация, а напротив.. Те са придобили значителен кавказки компонент.. Но естествено върха, максимума на кавказкия компонент си е при кавказците.. При фините тоя компонент е малко или много разреден...  Но все пак нека подходим предпазливо, това са само предположения.. 

[Кухулин]

Сранно дърво ти се получава. Според мен нещо си объркал векторите.

Финландци като финландци...

[Atom]

Хвърлих един поглед на Рашев.  Нещо не мога да открия археологическата и културна връзка между кавказките алани и дунавските прабългари.  Има ли я тази връзка изобщо и ако я има в чия работа е отразен този момент?  Да не се окаже, че връзката между алани и прабългари е по-скоро от сферата на градските легенди, отколкото на сериозни научни работи. 

[Кухулин]

https://www.researchgate.net/publication/341323340_Archaeological_and_genetic_data_suggest_Ciscaucasian_origin_for_the_Proto-Bulgarians_final_published_version_Papers_of_BAS_Humanities_and_Social_Sciences_Vol_6_2019_No_1

Биритуални некрополи, касети...

[genefan]

Преди 9 часа, Кухулин said:

 

Не знам къде гледаш E-V13, но аз там виждам само митохондриална - H14b.

 

Гърците имат много Кавказ още от халколитната експанзия на този компонент. Ние имаме по-малко. Но тук трябва да се внимава с обобщението "ние", защото не е много ясно това Капитан Андреево "ние" ли сме.

 

Southern Arc си има Supplementary с Excel файл на всички проби с подробни данни, включително хаплогрупите.

Относно Кавказкото, Ямная също го има, с което Стамов и сие се мъчат да направят някакъв знак за равенство, че всичко е дошло от степите. Някои се мъчат да отделят Кавказкото по Ямна линия от това дошло по-късно чрез така наречения "Източносредиземноморски профил". Той наводнява Южна Европа вече през Елинистични и Римо-византийски времена. недей да бъркаш пак хората с микенци и пр. 
Яменците са били долу-горе 50% КЛС и 50% ИЛС с малък процент анатолийски фермери. Когато кавказкото е пропорционално повече от това, което може да е донесено с Ямненците, плюс разни като Iran_n и Natufians, трябва да се мисли за миграции през Анадола/Левант. Късните северни миграции пък за България са с увеличени ИЛС и ЗЛС.

[Кухулин]

Преди 1 час, genefan said:

Southern Arc си има Supplementary с Excel файл на всички проби с подробни данни, включително хаплогрупите.

Мда, там е дадена E-V13, а в базата на Райх пак са опелскали нещата. Мерси. Това обаче не отменя факта, че автозомният профил на византиеца е чужд за България. А гледам, че по това време две византийски проби от Турция също са с E-V13.

И изобщо, тази група мутира хиляди години преди това. Първо я засичаме по време на ранното желязо в Капитан Андреево. След това през античността в Сицилия, при балканските наемници. Не ми е ясна логиката, по която E-V13 може да сочи балкански произход през късната античност. По това време вече може да се е разпълзяла навсякъде, не само тук и в Турция. Защо не я засичаме другаде - това е отделен въпрос. Или лош късмет, или голяма рядкост, или пък наистина я няма другаде. Не можем да залагаме само на последния вариант.

 

Преди 1 час, genefan said:

Относно Кавказкото, Ямная също го има, с което Стамов и сие се мъчат да направят някакъв знак за равенство, че всичко е дошло от степите. Някои се мъчат да отделят Кавказкото по Ямна линия от това дошло по-късно чрез така наречения "Източносредиземноморски профил". Той наводнява Южна Европа вече през Елинистични и Римо-византийски времена. недей да бъркаш пак хората с микенци и пр. 
Яменците са били долу-горе 50% КЛС и 50% ИЛС с малък процент анатолийски фермери. Когато кавказкото е пропорционално повече от това, което може да е донесено с Ямненците, плюс разни като Iran_n и Natufians, трябва да се мисли за миграции през Анадола/Левант. Късните северни миграции пък за България са с увеличени ИЛС и ЗЛС.

Всичко това е окей, но не разбирам последното изречение. Защо трябва да мислим само за миграции през Анадола? Какво ни пречи да мислим за кавказка миграция през степите? Според мен можем (и трябва) да мислим за всичко. А след това да  видим какво може да се докаже.

[genefan]

Точно така, трябва да мислим за всичко, а не да се концентрираме само на Ямна и прабългари. Поне тези, които се изявяват по медиите, никога не споменават за принос от Анадола и Левант след неолитните земеделци.

[Кухулин]

Е сега, живеем в развита западна демокрация. Един изучава едно, друг изучава друго, а пък кого канят в медиите - това е съвсем трети въпрос. Подозирам, че ако д-р Стамов и д-р Чобанов разказваха за приноса на Анадола, никой нямаше и да ги кани в медиите  

[Кухулин]

Преди 20 часа, Кухулин said:

Доста сериозно присъствие от степите - 40%. Зад хуни и авари сигурно се крият някакъв процент славяни, които едва ли са степни, но пак е доста. Предвид близостта на това аланско "ядро" до съвременните кавказки народи, нищо чудно и те да се окажат мешана скара. Интересно е сравнението със степния алан от първия пост:

Ако приемем този модел за близък до реалността (въпреки голямата дистанция и лошото качество на самата проба), явно имаме работа с по-кавказец от "ядрените" кавказци. Любопитно, предвид горните постове за катакомбите.

Продължавам да разцъквам по тази твърде интересна тема. Пуснах през Г25 петкомпонентния модел на Лазаридис, колкото и да е изкривен. Поне "по-голямо/по-малко" би следвало да покаже надеждно. Добавих Ряховец като референтна популация, за  да имаме представа какво е отклонението.

Общо взето добре се вижда, че салтовецът е "по-кавказец" и от кавказките алани, и от близките до тях севернокавказки народи. Впрочем, кумиките водят този списък относно аланското "ядро". Съответно ямненският компонент при степния алан е най-нисък.

Тантин, можеш ли да се включиш с професионалната техника по този въпрос, ако си я разучил достатъчно? Там има повече степни проби, пък и между другото ще проверим колко съвпада моделът на Лазаридис в qpAdm   

Ако действително получим за кавказките алани КЛС от порядъка на 40%, трябва пак да се върнем към тезата на Южняка за  БМАК и да я обмислим наново.

 

[tantin]

Преди 44 минути, Кухулин said:

Тантин, можеш ли да се включиш с професионалната техника по този въпрос, ако си я разучил достатъчно? Там има повече степни проби, пък и между другото ще проверим колко съвпада моделът на Лазаридис в qpAdm   

Ако действително получим за кавказките алани КЛС от порядъка на 40%, трябва пак да се върнем към тезата на Южняка за  БМАК и да я обмислим наново.

Ще се включа, разбира се.. Само дето съм като трактор Белорус..  Трудно запалва. Веднъж като запали, няма грешка...  Аз съм много горд с тия Ф4 статистики от последните дни. 

И аз като Южняка: имам какво да кажа, но кой ли ме пита и кой ли ще ме послуша?

При мен аз мога да правя Qpadm тестове с примерно 25 популации. В някои случаи с до 50. Зависи от броя снипове.  Колкото повече окастряме сниповете - повече народ. А колкото по-подробно гледаме с много снипове, броя пада. 

Най лесно се проверяват граничните стойности, тия като бразилци, лошбур, ескимосите , и пр.  Аланите са едни такива междинни.  Може се проектират и тук и там.  Обаче не е така с тия крайните..

[Кухулин]

Преди 7 минути, tantin said:

При мен аз мога да правя Qpadm тестове с примерно 25 популации. В някои случаи с до 50. Зависи от броя снипове.  Колкото повече окастряме сниповете - повече народ. А колкото по-подробно гледаме с много снипове, броя пада. 

Гледам, че при Райх има трима салтовци - DA188, DA189 и DA190. И тримата са нещо кьопави, ама това е. Не знам дали ще има файда, ако ги обединиш - може да излезе по-добро покритие. Южняка прави някакви такива фокуси  

[tantin]

Преди 2 минути, Кухулин said:

Гледам, че при Райх има трима салтовци - DA188, DA189 и DA190. И тримата са нещо кьопави, ама това е. Не знам дали ще има файда, ако ги обединиш - може да излезе по-добро покритие. Южняка прави някакви такива фокуси  

Това с обединениет го мога. Знам как да го направя, въпреки че досега не съм го правил. Аз повече правя обратното- разединявам ги и ги тествам поединично.

[tantin]

Защо ги разединявам може да питаш? Най лесния пример са бачо-Кировците.. В тия официалните публикации всичките бачо-Кировци са набутани в една категория..  Bulgaria_BachoKiro_LatePleistocene

Е да, ама бачо Кировците се набутват по съвсем различни категории ако ги тестваш поединично. Понякога така ги дават клъстърите, не знам как точно ги определят, но доста такива несъвместими индивиди ги набутат в един клъстер, вземат средно-аритметично, после си правят всякакви статистики и функции..  Усреднените популации пък си имат всичко, имат голямо покритие по всякакви снипове, имат присъствие на голям обхват..  Но точноста спада, образа става размазан. Аз предпочитам да намеря 1 представителен индивид и с него да си правя тестове. Но вероятно си има преимущества да се работи с усреднените популации.

 

[Кухулин]

Преди 15 минути, tantin said:

Защо ги разединявам може да питаш? Най лесния пример са бачо-Кировците.. В тия официалните публикации всичките бачо-Кировци са набутани в една категория..  Bulgaria_BachoKiro_LatePleistocene

Е да, ама бачо Кировците се набутват по съвсем различни категории ако ги тестваш поединично. Понякога така ги дават клъстърите, не знам как точно ги определят, но доста такива несъвместими индивиди ги набутат в един клъстер, вземат средно-аритметично, после си правят всякакви статистики и функции..  Усреднените популации пък си имат всичко, имат голямо покритие по всякакви снипове, имат присъствие на голям обхват..  Но точноста спада, образа става размазан. Аз предпочитам да намеря 1 представителен индивид и с него да си правя тестове. Но вероятно си има преимущества да се работи с усреднените популации.

Зависи какво търсиш. Ако искаш да изчислиш някаква величина средно за популацията, явно трябва да обединяваш на някакъв етап. Ако искаш индивидуални детайли, може и да разединяваш. В случая обаче проблемът е качеството на пробите, ти трябва да прецениш стават ли поотделно.

Не знам дали е качен някъде геномът на салтовските алани от новите изследвания:

haplotree.info

[tantin]

Преди 1 час, Кухулин said:

Гледам, че при Райх има трима салтовци - DA188, DA189 и DA190. И тримата са нещо кьопави, ама това е. Не знам дали ще има файда, ако ги обединиш - може да излезе по-добро покритие. Южняка прави някакви такива фокуси  

От тая партида гледай кои имам:

Но твоите ги нямам. За да влязат в моята извадка трябва качествения контрол да прескочи поне на 60- 70 % ..По-долните ги игнорирам.

Ако искам да ги проверя с Ф4 - стигат ми дори 10 %..  Зависи какво искаме.

Аз предпочитам ПСА с добър качествен показател. 

[tantin]

Бачо Кухулине, вземи си инсталирай R-studio . После аз ще ти дам конвертираните данни. Ще ти дам малко скриптове и ще можеш и сам да си ги въртиш данните и да си правиш проверките.. Само ми кажи откъде искаш да започнеш.. Ти си ентусиаст,  аз обичам ентусиазма..  Аз започнах с едни скриптове ... за кози..  Но генетиката работи на все същия принцип.. Дали изследваш кози, коне, кучета - пак може да ползваш същите принципи..  Тия последно и на мамутите бяха направили генетичното дърво..  Много яко се бърка и гледа по гените .. А математиката на многомерните вектори си е все същата..

[tantin]

Въобще тая наука май си е упражнение и хоби за програмисти... Аз между другото не съм програмист, но си ги разбирам нещата, знам за какво става дума.. А хората на ДР са като екипи от конкуриращи се програмисти, надпреварват се кой какъв нов софтуер да изкара и кой по-добре да разгроми и разгадае тайната на ... древните...  Дотука всеки от екипите е изкарал по 4-5 софтуера като инструментариум.. А тия дето не правят нов софтуер са като лузери.... Докато традиционалистите се напъват да ползват съществуващи инструменти разработчиците изкарат нов инструмент и отнасят / отвяват конкуренциата на десетки километри назад в съревнованието.. Налага се да се гледа переспективно.. Обаче без познания по многомерните вектори и най-добрите програмисти са гола вода... 

[tantin]

Преди 1 час, Кухулин said:

Гледам, че при Райх има трима салтовци - DA188, DA189 и DA190. И тримата са нещо кьопави, ама това е. Не знам дали ще има файда, ако ги обединиш - може да излезе по-добро покритие. Южняка прави някакви такива фокуси  

Току що проверих за тия тримцата: салтово-маяцки:

Няма нужда да се обединяват, ДР вече си ги е обединил и ги е сложил под групово име: RUS_SaltovoMayaki

Има ги в последната база: v54.1p

Дейвид си знае работата..  Някой път може и да го критикуваме, ама той си е най-добрия за момента.. Той я движи тая наука. 

[tantin]

Въпреки че тия салтово-маяцките алани са много окастрени, за най-елементарни базови сравнения можем да правим груби естимации. Застраховам се да кажа: много груби и повърхностни.

Погледнах ги тия тримцата.. Допреди да ги включа в извадката бях паднал до само 900 снипа. А като ги включих за съжаление ми останаха само 90 снипа, по които да правим естимацията..

Цитирай

i Reading allele frequencies from EIGENSTRAT files...
i HumanOrg_Dzudz.geno has 5975 samples and 1233013 SNPs
i Calculating allele frequencies from 52 samples in 24 populations
! 91 SNPs remain after filtering. 79 are polymorphic.
i Allele frequency matrix for 91 SNPs and 24 populations is 0 MB
i Computing pairwise f2 for all SNPs and population pairs requires 1 MB RAM without splitting
i Computing without splitting since 1 < 8000 (maxmem)...

Представяш ли си: само 90 снипа от милион и 300 хил..

....но дори и тия 90 може пак да ни стигнат за да понарисуваме това и онова.

Как изглежда картинката през тия ключови 90 снипа:

Нещо тия салтово-маяцките ми ги прати откъм азиатската страна;

Цитирай

Нищо че са трима. Но аз по принцип на такива данни с много орязани снипове не им се доверявам.  Предпочитам да имам поне няколко хилади снипа, а още по добре десетки хиляди.. Ако пък са стотици хиляди то достоверността нараства в десетки пъти..

Въобще има над какво да се замислим.. Информацията е закодирана с много излишък.. Достатъчно ни е да вземем една малка частичка и само на тая база можем да направим съвсем достоверна и надеждна прогноза за цялата картинка.. Аз това съм го пробвал и го казвам със 100% увереност. Изкривявания и грешки са възможни. Но когато имаш същите данни по 23 начина и вземеш средно аритметично то грешката пада на под 1/23 ...

[Кухулин]

Преди 46 минути, tantin said:

Въобще тая наука май си е упражнение и хоби за програмисти... Аз между другото не съм програмист, но си ги разбирам нещата, знам за какво става дума..

Аз преди 20 години сам си писах софтуера за фирмата (Perl + PHP + SQL), ама вече остарях за тия работи. Много ме мързи  

 

Преди 1 час, tantin said:

Ако искам да ги проверя с Ф4 - стигат ми дори 10 %..  Зависи какво искаме.

Значи трябва да измислим някаква ф4, дето да покаже кой има повече КЛС - салтовците или кавказките алани. Или ф3 - да пуснеш единия вектор по КК1 или Сацурблия. Отивам да медитирам във фитнеса, дано ми светне