Няколкоо пса плота с български образци - къде сме ние?

[Южняк]

Ако ние не си свършим работата, няма кой да ни я свърши. Мисълта ми е, че из и-нет, вкл. в научни публикации ни поставят на доста разнообразни места,по причина че просто не сме достатъчно интересни от популационна гледна точка, освен разбира се, на нас самите. Плотовете са беля и до голяма степен в тях има, освен че са беля, оптически илюзии, особено между пса 1 и пса 2, тъй като са 1. обект на скалиране и 2; образците минават качествен контрол, при който много от тях отпадат поради неподходящо секвениране, което пък се отразява на целия плот. Долните плотове са най-тривиални, правени с плинк, при следване на някои банални правила (фазирана информация, поради което са своеобразна форма на ИБД), тъй като са позициите са определяни от наличието на общи сегменти между образците, т.е. родство в миналото; но, да им напряавя необходимото допочистване е доста работа немислима за постинг във форум, тъй че до схема базирана само на хаплотипове има известна дистанция; но, може да бъде направено, когато се появат новите образци. честно казано, сега нямам стимул. нещата с фазирана информация изглеждат малко по-необичайно, но в някои отношения - да не каажа повечето, това е по-надеждния формат. Няма да коментирам, поствам ги просто за информация; исках да сложа повече от любимите на форумците траки и т.н. антични образци от бг, но просто не минават през качествения контрол, за да се хване някой хаплотип или добре секвениран сегмент. 

Пъвро в най-едър план, силно впечатление прави хомогенността на това розовкото горе, китайските образци, както и дистанцията на която са от останалите. древен народ, отдавна обособен, с много общи хаплотипове, това е положението; Има още няколко такива групи, в които се вижда ясно обособеност и хомогенност,

 

 

като финладнците или бурушо. 

Можем да видим и обмена на хаплотипове по една крива, в единия край на която са калашите, а в другияпубрушо, със синдхи от пакистан по средата, както и че патан някога са били калаши, струва ми се; другото което се вижда тук е връзката иран - кавказки групи, или поне някои от кавказките групи, но ми е трудно да кажа дали кавказците са мигрирали към иран или обратното, но се вижда, че едната група е в основата на другата, като има и междинни популации, които споделят сегменти и с двете групи...

 

обърнах го наопаки за по-привичен вид. 

 

Тук малко по-почистено с фокус в/у България - споделяме малко повече общи сегменти със средновековния образец от македония 10 в. битоля, отколкото с ряхово; но това няма къде да го прочетем и видим, освен тук, неофициално. 

 

Още веднъж, май почти същото, като обръщам внимание, че дистанциите тук са *реални*, по-реални отколкото в обикновените пса плотове но трябва да имаме предвид че и този е обект на скейлинг. Както и да е, на теория - колкото по-малка дистанция, толкова повече общи сегменти между образците (т.е. по-голямо родство). П.С. Ако някой се обади в темата само и еднствено с цел да се ежи или да троли - обичайното.

Редактирано Ноември 6, 2023 от Южняк

[makebulgar]

Тоест, извода какъв може да е? Едната проба е позиционирана заедно със сарматите, а другите са сред скити и балканци.  

Редактирано Ноември 6, 2023 от makebulgar

[Южняк]

Преди 21 минути, makebulgar said:

Тоест, извода какъв може да е? Едната проба е позиционирана заедно със сарматите, а другите са сред скити и балканци.  

знаеш ли, добър въпрос. вместо да се опитвам да отгатна на око и да се чудя, оставих компютъра да решава кой къде се позиционира - клъстеринг на база сгментите, които изчислих с п-лин; това е позииониране на база координатите на пса-плота. подчертавам изрично и за дендрограмата и за плотовете ползвам едни и същи координати, това e NJT; не знам колко ясно ще се въди клъстеринга визуално - н

 

Ползвах само два съвременни бг образци; прави ми силно впечатление, че се разделиха (булгариан.дг и булгариан.дг) - единия при по-южните геноми (групира се с гръцки геном от сев. гърция), другия отиде при степнославянските народи,по-северен; парадоксално, по-северния формира клада с македонеца от 10-ти век битоля, а по-южния, със съвременен грък; ряхово и той е наблизо до единия, и т.н., абе свеки има очи, да вижда сам. по-кътсно може да постна още неща - има много добри методики за клъстеринг, да видим какво ще покажат те, макар тая като ея гледам е достатъчно добра. но, тука съм работил само с част от геномите (общи сегменти), останалото е чистено. Но ми изглежда доста правдоподобно, като гледам как групира индивидите в народи масово...

Редактирано Ноември 6, 2023 от Южняк

[Южняк]

Холи моли; една от методиките за  клъстеринг буквално разби образците на три отделни континента, напълно непреднамерено, на база споделени сегменти на образците... 

[Южняк]

Преди 1 час, Кухулин said:

Така като гледам плота, споделяме повече сегменти с испанците, отколкото с румънците  

само гледай. като начало , тия от подборката  долу или са дубликати, или близнаци (1=100%) те са на върха на списъка от двойки, споделящи общи сегменти.

 

от близо 20 хиляди комбинации, това е най-високо ранкирания образец спрямо един от всичко двата български образци - точно испанец, на 4000-но място. Твърде назад. Единственото интересно е че единия български образец споделя повече сегменти с испанеца, отколкото с другия българин. но това 0.04 е супермалко. Нито сме араби да се женим за първите си братовчедки  и така сто генерации, като тия от горната таблица, нито живеем на остров; Освен това не съм премахнал фенотипните алели, единия бг се явява с малко по-медитерански алели - най-верятно фенотипни; втория с който спеделя най-много снп-та е някакъв французин от южна франция. Другия българин се групира с образеца от македония, румънци и ряхово. Но меже да има нещо и отвъд фенотипните изяви. Факт, че е с по-средиземноморски геном. Така че това твоето го слагам в графа констатации.

 

но 0.04 по скалата от 0 до 1 е твърде малко. Както и да е, българите споделят най-много сегменти с един французин, един североиталианец и един испанец. Но сегментите са всъщност много малки. Тука да кажа че извадката която направих е относително малка, 1000 образци (от над 20 хиляди възможни). Поставям бариера за общи сегменти - в случая, над 0.04, за съжаление, са секвенирани така, че почти никой не я прескочи и изпопадаха още при предварителното почистване. Все пак можем да кажем, 

[D3loFF]

Добре бе @Южняк това какво значи с думи прости:

Аз и преди съм чел от други изследвания, че имаме много близка връзка със Сардиния. Така ли е или не е така? Ако може да обясниш, като по-запознат.

П.П. Или това EIA, значи Early Iron Age, т.е. местното население от ранно-желязната епоха? Пак интересно, че е толкова близо до Сардинците.

Редактирано Ноември 8, 2023 от D3loFF

[genefan]

Ако искате да има тествани повече българи за пълен геном, то включете се в новия проект на Медицинска Академия "Геномът на България" Засега  ще се тестват към 1000 българи с тенденция да станат поне 5000. За целта трябва да се даде кръв в лабораториите в София и Пловдив. За съжаление тази база данни ще бъде с медицинска насоченост и няма да е отворена за всички, но нещата може да се променят. 

Геномът на България | НУКБПИ (mu-sofia.bg)

 

Редактирано Ноември 9, 2023 от genefan